醫(yī)院專科設(shè)置齊全，已建成臨床一級專業(yè)學(xué)科20個、二級專業(yè)學(xué)科32個、病區(qū)55個、主要醫(yī)技科室13個，擁有淮安市食管癌防治、臨床檢驗(yàn)、放射免疫檢測、糖尿病診療、醫(yī)學(xué)信息、孕產(chǎn)婦急危重癥救治等6個技術(shù)中心和血液病研究所、腫瘤研究所、普外科、中心實(shí)驗(yàn)室、標(biāo)本室等5個醫(yī)學(xué)重點(diǎn)科研單位。2016年檢驗(yàn)科通過ISO15189認(rèn)證，2017年通過復(fù)核認(rèn)證。

醫(yī)院先后與韓國高麗大學(xué)醫(yī)學(xué)中心、德國雷沃庫森醫(yī)院、北京安貞醫(yī)院、瑞典卡羅琳斯卡醫(yī)學(xué)院、加拿大西安大略大學(xué)、美國密西根大學(xué)、霍普金斯大學(xué)、哈佛大學(xué)等國內(nèi)外知名醫(yī)療機(jī)構(gòu)建立了友好合作關(guān)系，定期進(jìn)行學(xué)術(shù)交流。2004年9月與韓國高麗大學(xué)附屬安巖醫(yī)院共同創(chuàng)建了江蘇省中韓合作“心臟血管研究所”。2007年與中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院腫瘤研究所達(dá)成合作意向，在我院正式成立“中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院腫瘤研究所腫瘤調(diào)節(jié)協(xié)作中心”。2008年與瑞典卡羅琳斯卡醫(yī)學(xué)院臨床研究中心達(dá)成合作意向。諾貝爾醫(yī)學(xué)生物獎評委愛德華?史密斯教授、美國國際頜面外科主席赫爾曼教授受聘我院客座教授。醫(yī)院每年選派50人次出國出境學(xué)習(xí)交流，通過對外交流合作，有力推動了醫(yī)院整體科技的進(jìn)步和高層次技術(shù)人才的培養(yǎng)。