“十二五”以來九院學(xué)科建設(shè)水平不斷發(fā)展。醫(yī)院現(xiàn)擁有3個(gè)上海市臨床醫(yī)學(xué)中心(口腔臨床、整復(fù)外科、關(guān)節(jié)外科)和2個(gè)上海市臨床醫(yī)療質(zhì)量控制中心(口腔醫(yī)學(xué)、醫(yī)學(xué)美容)?？谇慌R床醫(yī)學(xué)、整復(fù)外科與組織工程學(xué)、外科學(xué)(骨科)現(xiàn)為重點(diǎn)學(xué)科，心血管內(nèi)科為重點(diǎn)學(xué)科組員單位(牽頭單位瑞金醫(yī)院);口腔基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)現(xiàn)為重點(diǎn)培育學(xué)科。骨科、口腔頜面外科、牙體牙髓科、牙周科、口腔修復(fù)科和眼科為臨床重點(diǎn)?？??？谇会t(yī)學(xué)、整復(fù)外科學(xué)、骨科學(xué)為教育部“十二五”“211工程”重點(diǎn)建設(shè)學(xué)科?？谇火つげ】屏袨橹嗅t(yī)藥管理局重點(diǎn)?？?。組織工程學(xué)為上海市“重中之重“學(xué)科，口腔頜面外科為上海市重點(diǎn)學(xué)科(優(yōu)勢(shì)學(xué)科)，口腔修復(fù)生物材料學(xué)為上海市重點(diǎn)學(xué)科(特色學(xué)科)，口腔基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)和眼科學(xué)為上海市第三期重點(diǎn)學(xué)科。修復(fù)重建外科入選上海市“重中之重”臨床醫(yī)學(xué)中心，眼科為上海市“重中之重”臨床重點(diǎn)學(xué)科，骨科為上海市教委重點(diǎn)學(xué)科。眼科、麻醉科、泌尿外科、內(nèi)分泌科為上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院重點(diǎn)學(xué)科。九院也是上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院血管病診治中心、疝與腹壁外科疾病診治中心單位。