管理系于1997年在社會科學部的基礎(chǔ)上創(chuàng)建的，1998年開始招收衛(wèi)生事業(yè)管理專業(yè)學生，2000年專業(yè)更名為公共事業(yè)管理專業(yè)，培養(yǎng)具有醫(yī)藥知識背景的"口徑寬、基礎(chǔ)厚、能力強、創(chuàng)新型"的現(xiàn)代經(jīng)營、管理高級人才?，F(xiàn)設有2個本科專業(yè)：即公共事業(yè)管理專業(yè)（醫(yī)院信息管理方向、醫(yī)療保險方向和藥事管理方向）和市場營銷專業(yè)（醫(yī)藥營銷方向和電子商務方向）。目前，正在申報社會醫(yī)學與衛(wèi)生事業(yè)管理專業(yè)碩士點。
　　管理系設有辦公室、教研室、圖書資料室、心理咨詢中心和系團委。共有藏書18000冊，期刊100余種。各教研室、資料室已實現(xiàn)了辦公信息化管理。系現(xiàn)有高級職稱教師4名，講師9人，外聘客座教授5名。先后承擔院級以上課題30余項，其中廳、局級以上課題10余項。有3項成果獲廳、局級以上獎。
　　管理系得到了省衛(wèi)生廳、省中醫(yī)藥管理局的大力支持和指導，并與全省各市縣衛(wèi)生局、中醫(yī)院建立了良好的協(xié)作關(guān)系，設立了遍布全省的實踐基地，為學生提高實踐工作能力創(chuàng)造了良好條件。管理系每年承擔兩期浙江省中醫(yī)藥管理局主辦的全省中醫(yī)醫(yī)院院長管理培訓班的培訓任務。通過培訓不僅提高了全省中醫(yī)醫(yī)院管理干部的能力素質(zhì)和管理水平，同時也密切了與醫(yī)院的紐帶關(guān)系。